Se encuentra ubicado dentro de la provincia de Santa Cruz, a 40 kilómetros al norte de El Chalten y a 8 kilómetros del limite norte del Parque Nacional Los Glaciares. Desde el Chalten se accede por camino de ripio no siempre en buen estado.
El Lago del Desierto, tiene un largo de aproximadamente 13 Kilómetros, y algo más de 1 kilómetro en lo que sería su parte más ancha.
Por el norte del mismo, desembocan las aguas de la Laguna Larga y el Lago Chico, mientras que su extremo sur, desemboca en el Río de las Vueltas que a su vez desagua luego en el Lago Viedma.