Se encuentra ubicada en el suroeste de la Provincia de Neuquen, justo frente al Parque Nacional Lanin. Dentro del Departamento de Huiliches, a 40 kilómetros de San Martín de Los Andes, a 20 de Chapelco y a 1147 kilómetros de la ciudad de Buenos Aires. En la ciudad habitan 10302 personas según el censo realizado por el INDEC en el año 2001. Por otra parte la región posee un clima frío con abundantes lluvias y nevadas.
Junín de los Andes limita: al oeste con Campo Grande, al sur con Collún Có, al norte con Malleo y al este con San Ignacio.