La ciudad fue fundada en el año 1985 por el Gobierno Nacional. Hace pocos años ha sido declarada Capital Nacional del Trekking ya que en ella se llevan a cabo varias competencias de dicho deporte.
El nombre de El Chaltén proviene del idioma tehuelche y su significado recae en las nubes que se posaban sobre el cerro Fitz Roy y que lo que los habitantes del lugar confundieron con humo por lo que decidieron llamar Volcán al sitio.
Por otra parte, el pueblo es una de las puertas de entrada al Parque Nacional Los Glaciares. Debido a ésta situación, se ha convertido en una ciudad netamente turística ya que, no solo sirve como paso al parque, sino que es uno de los lugares que más eligen los visitantes para alojarse.