La historia del Parque Nacional San Guillermo comienza a escribirse a mediados del año 1972. En dicha época el gobierno de la provincia de San Juan decide crear la Reserva Natural San Guillermo lo que convirtió a lugar en una de las áreas protegidas más grandes de la Republica Argentina. Formando también un refugio de suma importancia para los Guanacos y las Vicuñas ya que en esos tiempos ambas especies eran perseguidas por los cazadores que tenían como objetivo la explotación de sus pelajes. Vale recordar que el pelo de ambos animales se cotiza altamente por su finura y calidad.
Años más tarde la provincia de San Juan recibe la propuesta de crear el Parque Nacional por parte de la Fundación Ambientalista Sanjuanina. Está iniciativa tenía como objetivo instalar el Parque en medio de la Reserva Natural para afianzar los objetivos de la misma. El proyecto adquirió interés internacional por lo que fue administrado por la Organización de Las Naciones Unidas. De esta manera la formación del Parque se convirtió en parte del proyecto llamado el hombre y la Biosfera.
Finalmente en el año 1998 se creó el Parque Nacional San Guillermo en el cual conviven 7000 ejemplares de Vicuña y 5000 de Guanacos. Ambas especies consideradas en extinción. Además en el parque se llevan a cabo proyectos que tienen como objetivo la racionalización de los Recursos Naturales del lugar teniendo como base la adecuada explotación de los mismos.