La Laguna Pintiscayo es uno de los ecosistemas más llamativos y bellos de la provincia de Salta. En sus alrededores se pueden apreciar hermosos bosques de aliso, de río o bobadales, y sauce. Además, de acuerdo a observaciones y análisis satelitales de la región, podría ser la laguna mas grande y mejor conservada de las Yungas en la República Argentina.
El territorio también posee Serranías bajas con una selva pedemontana, en la cual se pueden apreciar árboles de lapacho, quina, cebil, palo amarillo, palo blanco, afata, cedro y roble. Asimismo los alrededores del sitio cuentan con selvas montanas entre las que se destacan los laureles y las mirtáceas.
Entre la fauna del lugar, es común ver ejemplares de: tapir, mayuato, puma, corzuela, lobito de río, tucanes, pavas de monte, garzas, espátula rosada, pato real, dorado, bagres, sábalos, bogas, viejas de agua, caimanes carpinchos y yaguareté. Al mismo tiempo la laguna alberga más de 130 especies de aves entre las que sobresalen el ara o el maracaná cuello amarillo.
Vale destacar que la laguna fue declarada área protegida dentro del Parque Provincial Laguna de Pintascayo.