Calilegua nace en el año 1756 como consecuencia de la Misión Jesuita “San Ignacio de los Tobas”. El nombre de la ciudad significa en idioma aborigen “Mirador de Piedra” y se debe a que desde la ciudad se pueden observar las grandes formaciones rocosas de sus alrededores. En el año 1967 los jesuitas son expulsados de la región y tres años más tardes se empiezan a instalar en el municipio las primeras industrias azucareras lo que le da un crecimiento vertiginoso al territorio.
Hoy en día la localidad es una de las más visitadas del noreste de la provincia de Jujuy, esto se debe a que en las cercanías del lugar se encuentra el Parque Nacional Calilegua una de las reservas de yungas más grandes del país. Además el sitio es apto para recibir turismo ya que cuenta con todas las comodidades necesarias para hospedar a los viajeros que deseen conocerla.