La ciudad de Santo Tomé fue creada por los jesuitas que habitaron esas tierras en el siglo XVII En el año 1817, luego de varias disputas entre los habitantes de la localidad y los ejércitos portugueses, la Misión fue incendiada por el General Chagas, al mando de tropas portuguesas. Luego los jesuitas fueron expulsados y la ciudad quedó en ruinas. La misma fue refundada el día 27 de agosto de 1863.
Es una ciudad ideal para descansar y recorrer los espacios verdes que posee. Además es un buen sitio para aquellos que les guste bañarse en el río y pescar en sus aguas, ya que el río Uruguay está plagado de camping donde el turista puede alojarse a pasar una inolvidable estadía.